牡丹修剪在很大程度上决定着植株长势的强弱、开花品质的优劣、株形的观赏效果以及生命周期的长短。因此合理整形，因材修剪，至关重要。
牡丹花早春时，会从休眠中苏醒，逐渐过渡到生长期，此时检查枝条上的小芽，只保留顶部的1-2个嫩芽就可以，其余的全部摘除；检查根茎部是否长出萌蘖，及时挖除。另外，枯枝、密枝、病虫枝剪除，靠外围的或上层的正常枝叶不要修剪，去除这些可减少牡丹的养分消耗，能让其更多的养分来恢复花后的牡丹生长。
目前，在专家的指导下，我院微生物所团队科技人员对土城基地牡丹园区已进行两次修剪。（李云飞）
