宜昌市农科院微生物研究所成立于1970年，主要从事微生物发酵技术在农业上的应用研究，食用（药）菌菌种选育、野生菌株驯化、无公害高产栽培技术研究、示范及推广等工作。团队拥有正高职高级农艺师1人，博士研究生1人，中级职称1人，硕士研究生3人。
团队在食（药）用菌菌种的选育、微生物液体深层发酵技术、食用菌无公害高产栽培技术研究等方面站在了国内食用菌研发的前沿。近几年完成了多项国家、省、市级科技攻关课题，2021年建成了以大型真菌种质资源科学、科研、科普为一体的三峡真菌馆，并对外开放；近年来取得了《三峡库区大型真菌野生资源调查、鉴定与保藏》、《羊肚菌人工驯化栽培关键技术研究与应用》、《一种利用秸秆栽培香菇的设备及工艺》等多项科研成果及专利；在珍稀食用菌的研究方面走在全省的前列，制定了《湖北羊肚菌设施化栽培技术规范》、《大球盖菇大田栽培技术规程》、《大球盖菇菌种》、《灰树花栽培技术规程》等多项食用菌栽培技术省级地方标准，将宜昌市珍稀食用菌新品种羊肚菌、大球盖菇、灰树花等品种进行了技术引领、示范和推广。进行了青砖茶发酵菌种的分离与选育、青砖茶全自动发酵生产线的创新研究，柑橘醋发酵工艺的研究，利用微生物发酵技术对宜昌市两大农业产业茶叶和柑橘的深加工技术进行了研究和创新。技术服务工作辐射面逐渐扩大，在“宜荆荆恩”城市群科技一体化中发挥引领作用，为农民增收、产业扶贫、乡村振兴做出重要贡献。团队获得2021年全国妇联授牌的“全国巾帼文明岗”。
